随着科学技术的不断发展，目前可用于细菌检测和分析的方法多种多样。流式细胞术被认为有潜力取代传统的平板培养法成为未来检测细菌的标准方法。但是传统流式细胞仪由于检测灵敏度的限制，无法检测粒径小于500 nm或荧光信号小于数百个FITC当量的细菌。

近年来抗生素滥用导致细菌耐药日趋严重，已对人类健康构成严重的威胁。在多种细菌耐药机制中，β-内酰胺酶是引起80%病原菌耐药的主要原因，它能水解抗生素的核心结构，使抗生素失效。临床样本中存在耐药菌和敏感菌并存的情况，传统的检测手段难以检测少量耐药菌的存在。

快速、灵敏、特异的致病菌检测分析，对食品安全、环境监测、疾病诊断治疗和生物恐怖袭击的防范等具有重要意义。传统的病原微生物检测方法需要对细菌进行分离、培养及一系列生化反应，操作复杂、检测周期长，且无法适用于难以培养的病原菌，远不能满足实际需求。

细菌可以寄生在人的消化道与人形成稳定的共生关系，也可以为人类所利用，构建各种基因工程菌用于食品生产；但另一方面，细菌也会分解食品中的营养物质，导致食品营养流失、风味改变及保质期内变质。